در شب های ابتدایی ماه ربیع الأول، پیامبر(ص) برای تهدیدی که به جان ایشان شد، از مکه به مدینه هجرت کردند. البته به سبب تقدیر الهی باید این سفر اتفاق می افتاد، اما خطر قتل ایشان، سفر را تسریع کرد.

پیش از هجرت پیامبر(ص)، اکثریت مسلمانان از مکه خارج شده بودند و عده کمی از مسلمانان کهن سال به همراه پیامبر(ص) در این شهر مانده بودند. مشرکان مکه متوجه شدند که با خروج پیامبر(ص) از مکه و اقامتشان در حجاز، حکومت قدرتمندی تشکیل می شود که حکومتشان را متزلزل می کند. از این رو بود که تصمیم به قتل پیامبر(ص) گرفتند.

زمانی که حضرت محمد(ص) مهاجرت خود را آغاز کردند، مشرکی ایشان را شناسایی کرد و قصد داشت، ایشان را تعقیب و در آخر دستگیر کند. به لطف خدا و با امداد های الهی هر چه تلاش کرد، نتوانست پیامبر(ص) را تعقیب کند و سرانجام ایشان را گم کرد. به جز این اتفاق، در تاریخ، روایت دیگری مبنی بر تعقیب حضرت(ص) نداریم.

زمانی که امام علی(ع) شجاعانه و خالصانه در بستر پیامبر(ص) خوابیدند که ایشان از مکه به مدینه مهاجرت کنند، جبرئیل پس از خروج پیامبر(ص) از منزل، این آیه را نازل کرد.

وَ مِنَ النَّاسِ مَنْ یَشْری نَفْسَهُ ابْتِغاءَ مَرْضاتِ اللَّهِ وَ اللَّهُ رَؤُفٌ بِالْعِبادِ (بقره / 207)

و از میان مردم كسى است كه جان خود را براى طلب خشنودى خدا مى‏فروشد، و خدا نسبت به [این‏] بندگان مهربان است.

اهل سنت و اهل تشیع اتفاق نظر دارند که این آیه در شأن امیر المؤمنین(ع) و برای جان فشانیشان در لیله المبیت نازل شده است.

آیه دیگر در زمانی بود که پیامبر(ص) به همراه یکی از مسلمانان در غار ثور بودند. در آن زمان همراه پیامبر(ص) (که نقل دقیقی مبنی بر این که آن شخص چه کسی است، وجود ندارد) به شدت ترسیده بود. در این حال جبرائیل آیه 40 سوره توبه را نازل کرد که خداوند در آن می فرمایند: إِلاَّ تَنْصُرُوهُ فَقَدْ نَصَرَهُ اللَّهُ إِذْ أَخْرَجَهُ الَّذِینَ کَفَرُوا ثانِیَ اثْنَیْنِ إِذْ هُما فِی الْغارِ إِذْ یَقُولُ لِصاحِبِهِ لا تَحْزَنْ إِنَّ اللَّهَ مَعَنا فَأَنْزَلَ اللَّهُ سَکِینَتَهُ عَلَیْهِ وَ أَیَّدَهُ بِجُنُودٍ لَمْ تَرَوْها وَ جَعَلَ کَلِمَةَ الَّذِینَ کَفَرُوا السُّفْلی‏ وَ کَلِمَةُ اللَّهِ هِیَ الْعُلْیا وَ اللَّهُ عَزِیزٌ حَکِیمٌ «اگر او را یاری نکنید خداوند (او را یاری خواهد کرد همانگونه که در مشکلترین ساعات او را تنها نگذارد) آن هنگام که کافران او را (از مکه) بیرون کردند در حالی که دومین نفر بود (و یک نفر همراه او بیش نبود) در آن هنگام که آن دو در غار بودند و او به همسفر خود می‏گفت غم مخور خدا با ماست! در این موقع خداوند سکینه (و آرامش) خود را بر او فرستاد و با لشکرهایی که مشاهده نمی‏کردید او را تقویت نمود و گفتار (و هدف) کافران را پائین قرار داد (و آنها را با شکست مواجه ساخت) و سخن خدا (و آئین او) بالا (و پیروز) است و خداوند عزیز و حکیم است.»

پس از قرائت این آیه، آرامش به دل پیامبر(ص) و همراهشان بازگشت.

زمانی که 40 فرد از 40 رگه قریش بالای بالین حضرت محمد(ص) حاضر شدند و علی(ع) را بجای ایشان دیدند، شوکه شدند. سپس اختلافی مبنی بر کشتن یا نکشتن امیر المؤمنین(ع) میانشان افتاد. در آخر هم به این نتیجه رسیدند که ایشان را نکشند. در خصوص علت این چشم پوشی از قتل امام علی(ع) دلایل زیادی بیان شده است.

عده ای می گویند که امام علی(ع) پیش از ورود پیامبر(ص) به مدینه انسان گنه کار و دشمن خونین کفار نبوده است. چرا که تا آن لحظه بزرگان مکه، تنها پیامبر(ص) را مقصر بدبختی هایشان می دیدند. دیگر این که پدر حضرت علی(ع) از بزرگان مکه بودند و کشتن چنین انسانی دلیل موجهی باید می داشت. علاوه بر این پیش از این جنگی میان مسلمانان و کفار شکل نگرفته بود که کینه ای از امیر المؤمنین(ع) در دل کفار باشد. از همه مهمتر قریش از انتقام بنی هاشم پس از قتل امام علی(ع) می ترسید.